接下来袁崇焕让迫击炮调高角度，向城门洞两侧吊射，仍然是五轮炮击，等到炮击结束后，明军开始按照排队枪毙的阵形向城内进攻。 卜石兔台吉听到两个城门被破，吓得够呛，立刻组织士兵们反击，于是大批的士兵都向城门洞附近压来。
计划都是安排好的，明军面对自己几倍的敌人也不慌张，大路间是五挺手摇机枪镇守，两侧是五排高低不等的击发枪士兵，也不慌着向里攻击，在城门洞附近大量的射杀敢于冲过来的卜石兔台吉的士兵。为了保持能够有持续的火力压制，击发枪士兵每人射出五发子弹以后立刻退下，再换一批士兵，免得枪管发热爆炸伤了自己。卜石兔台吉害怕明军冲进城里，不断的向这里派兵，明军将计计在城门附近大量的杀伤，双方都按照自己的意图在这里僵持。
在进行了一天的拉锯战以后，天色渐渐的黑了下来，明军按照袁崇焕的指示撤到了城门外面，只是仍然死死的围住城门洞，是不让任何人冲出来。到了晚，为了防止西、南两个城门出来卜石兔台吉的人马袭击，袁崇焕把人马全部撤回营地，毕竟卜石兔台吉有五万多人，自己只有八千人，还是小心为妙。
其实，在白天的时候，卜石兔台吉想从那两个方向包抄明军后路，可惜的是没有一个将领敢带队出来，等到晚视线不好了，卜石兔台吉才组织两万人从两侧出来包抄，想乘明军射击视线不好的机会突击，但是明军已经撤回了营地，向营地攻击？还是省点劲、节省点兵力吧，那是找死。
第二天、第三天仍然是第一天的翻版，明军仍是在城门口附近大量的杀伤，是不进入城区打巷战，弄得卜石兔台吉毫无办法。三天的攻城战，按正常的攻城战来说，攻防的死亡是守方的两倍，可是袁崇焕这种攻城的方式，却让守方的卜石兔台吉伤亡了百倍不止，明军自己反而没有什么伤亡，这是武器和战术的优势，人多也不管事。
第四天，袁崇焕仍然像前三天那样进攻，但是发现对方的人马越来越少，一击溃。原来经过三天的搏杀，卜石兔台吉的人马已经不足二万，士兵们已经彻底胆寒。于是，袁崇焕调整了一下战术，两个城门各留一千人，其余两千人沿着大街小巷缓慢向前推进，所过之处必须是无人区，免得敌人反扑。
反扑不会有了，卜石兔台吉已经准备逃跑了，他已经失去了雄心壮志，现在的想法是保住命再说东山再起的事吧。三天的血肉磨坊般的争夺，磨死的都是他自己的士兵。卜石兔台吉已经彻底丧失了斗志，在明军再次进入城门洞的时候，卜石兔台吉已经带人向西、南两个城门逃跑了，所以明军受到的反击越来越弱，等到明军彻底占领西宁的时候，城里面除了明军已经没有任何活人了，除了逃跑的都让卜石兔台吉逼着堵抢眼了。
从西城门仓皇逃出的卜石兔台吉，带着手下手下不足万人，其他的早树倒猢狲散了。出城不到十里，迎面碰了李鸿基、刘宗敏的人马，一阵的炮轰枪杀，卜石兔台吉的人马立刻四散奔逃了，李鸿基、刘宗敏紧盯着卜石兔台吉的大汗旗，这家伙到现在竟然还没有想起扔掉。看看前面冲不过去，卜石兔台吉领着残兵败将向南逃去，手下到现在连五千人都不到了。
向南逃了半晌，正在人困马乏之时，从前方飞过来一排小迫击炮弹，三轮过后，郝永忠一马当先冲了过来，随他后面的是三十名亲兵，郝永忠左手持左轮手枪，右手握着“雪枫刀”，直奔卜石兔台吉的大旗而来，一路所向披靡。卜石兔台吉的亲兵们也是拼了，百人小队迎面冲来，交错而过之后仅剩不到三十余人，除了郝永忠的左臂被刀划了一口子，其余没事，这也是那个狡猾的亲卫队长用左手刀偷袭得手，结果也被郝永忠的亲卫一刀枭首。随后的战斗如秋风扫落叶一般，面对生龙活虎的明军，残余的卜石兔台吉人马丝毫没有抵抗能力。
当郝永忠的亲兵提着卜石兔台吉的脑袋站到洪承畴前面时，洪承畴笑眯眯的问道：“谁干的？五百两白银的奖励，我自己出。”
郝永忠：“他，是我的亲兵队长，一刀把卜石兔台吉的......。”
亲兵队长可不敢争功：“不，不，是大人一刀......。”
“嗵，扑通”两声，郝永忠一脚把队长踢到：“我他妈还用和你争功吗？认.......。”
“嗵，扑通”又是两声，“郝永忠，你个王八蛋，告诉你不许领队冲锋，”洪承畴骂道，“不冲锋你会死啊，五百银子没你事了，队长领走，给弟兄们分了，罚你一个月俸禄，也送给弟兄们喝酒，叫你个王八蛋不听话。”
郝永忠带着亲兵捧着五百银子走了，洪承畴带着士兵向西宁城会和袁崇焕去了。
涯温土司看到这仗打得太惨了，死人太多了，怕是回头有瘟疫传染，从平戎城调来老百姓帮助收拾尸体，也不白干，每人一两银子，不到两天的时间把这些尸体处理完了。
原来的卜石兔台吉的府，袁崇焕正和洪承畴、涯温土司商量如何进行接下来的战事。涯温土司的意思是留下一部分人马驻扎在西宁城，一边适应青海这边的气候，一边继续向南进攻，等到达到青海南部时，如果攻击乌斯藏必须换乘西藏马，否则战马会死亡，人员也会因气候问题生病。袁崇焕开始也是为进攻方向问题头疼，青海面积太大了，他的兵马太少了，别说打仗，