辽东的战事让朱有孝非常高兴，困难的局势终于有所改变，现阶段来说，不太用担心辽东的局势了，这让朱有孝很有成感，努尔哈赤席卷东北，然后鲸吞原的事情，在自己的出现后应该不会发生了。
进入九月份，北方的玉米、红薯、土豆都已收获的差不多了，北方的粮食问题已经有所缓解。但是，离朱有孝希望的能够吃饱还有所差距，现在的老百姓还是每天只吃两顿饭，朱有孝的希望是老百姓每天要吃够三顿饭，最好每天都能吃肉。当然了朱有孝只能想着方面努力，五年或十年大概能解决不错了。
烦心的事总是伴随着朱有孝，九月底还是传来了不幸的消息，四川的奢崇明造反了。本来朱有孝觉得不再调集奢崇明入辽东作战，他不会有借口进入重庆了，也不会有再借阅兵之际杀死巡抚徐可求和二十多名军政人员的事情了。谁料到这奢崇明还是造反了，看来这基层的官员们确实成问题，必须要想法解决，不然的话一有风吹草动，老百姓一被忽悠起来造反可不是什么好事。尤其是将来几年是小冰川的活跃时期，旱灾、涝灾持续不断，没有稳固的民心，大明朝危险了。
既然有动乱，那得派兵，历史朝廷曾经调动贵州和四川各地兵马平叛，结果反反覆覆，一直到崇祯年间才彻底消灭。
据情报显示，这次奢崇明是悄悄的、分散的派出二万人马抵达重庆，趁着九月十五日重庆巡抚徐可求宴请群僚的时候，出其不意，迅速保卫巡抚衙门，结果将一班正喝到兴头的官员一打尽，并且迅速占领了武备库，击溃闻讯赶来的官兵。这些官兵们本来作战不至于这么差劲，无奈群龙无首，只好做鸟兽散。
朱有孝决定这次来个牛刀杀鸡，来一个大圈包围，小圈决战，然后分片围剿，接下来在四川、贵州、广西、云南这几个行省实行改土归流，彻底废除土司、部落、头人制度，凡是听话的首领门都集到省城养起来，可以按规定收租、经营实业，或者做寓公都行，实在想在老家呆着也行，解除一切拥有的武器，不许拥有私人武装，必须废除所拥有的奴隶制度，所有佣人必须拥有人身自由，地租由政府统一制定，安全由政府的警察部队负责。凡是不服从这些安排的首领做最简单的处理——杀掉，分掉其土地、财产，直接给其奴隶和佣人。当然，这些政策可以实施，不能宣布，不然的话这些省的土司、头人、首领一起造反，那也不是朱有孝能够承受得了的。
历史对奢崇明的平叛用了将近十年，主要原因一方面奢崇明实在狡猾，已有风吹草动这家伙逃掉了，另一方面是平叛的明军人数太少，每次打的都是击溃战，虽然每次都胜利了，但是奢崇明都没有伤筋动骨，都还有再战的能力，以至于奢崇明在四川搅得乱七八糟，民不聊生。到后来张献忠入四川，杀得四川血流成河，跟奢崇明叛乱有一定关系，叛乱的时间太长，四川的人力物力损失惨重，以至于到清朝初期才有了“湖广填四川”的人口大迁移。
朱有孝决定这次来个一劳永逸，先设置一个大的包围圈，这个包围圈由孙承宗负责，调集贵州、陕南、湖广临近四川的几个省的兵力，一边进兵，一边练兵，不要急于进攻，只是缓缓地包围去，这在策略叫做温水炖青蛙。为此，朱有孝从内库拨付白银四百万两，从户部拨付白银四百万两，由湖广负责筹集粮食。湖南负责南方面湖南、贵州部队的供给，包括所有粮食、武器等所有物资，湖北则负责北方面部队的物资供给。朱有孝严令各部不许扰民，既然朝廷拨付了钱财，必须严格按照公平的价格买卖，凡无故扰民者必将严惩。
朱有孝为此召来内阁和六部尚书，现在内阁成员变化了不少，孙如游功成身退，致仕回家养老去了，朱有孝还给他加了衔，他走得很高兴。方从哲则是因为东林党御史的弹劾，为了自保也请求致仕，朱有孝在他请辞了两次之后，也加了衔，让他高高兴兴的回家养老去了。然后叶世高再次担任了首辅，韩爌还是次辅，孙承宗则是内阁大学士兼任兵部尚书，徐光启是内阁学士，还有刘一燝，新进的朱国桢。其他是户部尚书朱国祚、吏部尚书周嘉谟，工部尚书宋应星、礼部尚书孙慎行、刑部尚书王纪等。
朱有孝加这些内阁、六部尚书共十二人，现在在座的算是大明朝的核心决策人，朱有孝之所以把这些人都召集过来，目的是为了不让那些言官、清流在朝堂再胡搅乱缠，什么招抚了、招抚镇压并举了等等，而这几个人较好说服了。
当朱有孝把奢崇明反叛的事情详细介绍完毕，首辅叶世高当先开口：“陛下，臣以为像这种不仁之臣，必杀之以儆后人，免得其他的人效仿，其罪必不可恕，只不过陛下是不是用兵太过。”
叶世高出任首辅的事情朱有孝有过考虑，用他的目的是为了推进大明朝对外的开放，此人颇熟悉西洋事宜，思想也较容易接受先进的实物，从他能够和传教士利玛窦交往并结为朋友看，说明此人并不保守。其次，此人是东林党的领袖级人物，朱有孝准备从仁义道德的制高点，用精神枷锁套住他，让他自己去斗东林党的徒子徒孙，其实是挑起东林党内斗，以便从减少自己的压力。
次辅韩爌也表示了同样的意思。
孙承宗说：“对待如此宵小，必须以泰山压顶之势，牛刀宰鸡，斩草除根，